Komisja Europejska chce nałożyć na nasz kraj karę w wysokości 560 mln zł za uchybienia, które jej zdaniem, zostały popełnone przy wypłacaniu przez ARiMR płatności obszarowych w latach 2005-2006. Sprawa dotyczy identyfikacj działek rolnych. Przepisy unijne nakazywały przyznawanie płatności obszarowych od 1 stycznia 2005 roku na podstawie mapek lotniczych (ortofotomap).ARiMR rozpoczęła przygotowania do wdrażania tego systemu w 2003 roku, ale z uwagi na warunki pogodowe nie zdążyła do 1 stycznia 2005 roku pozyskać zdjeć lotniczych z terytorium całego kraju. W związku z powyższym, do czasu pozyskania wszystkich ortofotomap, przyznawanie płatności obszarowych rolnikm następowało w oparciu o istniejący w Polsce "Rejestr ewidencji gruntów i budynków".Komsja Europejska  po przeprowadzenu kontroli uznała, że system ten nie odzwierciedla stanu faktycznego gruntów użytkowanych rolniczo. Dlatego też płatności naliczone rolnkom do wypłaty były zbyt duże. 560 mln złotych to zryczałtowana kwota płatności z lat 2005-2006, która zdaniem Komsji została nisłusznie wypłacona rolnikom, więc Polska powinna ją zwrócić. ARiMR odpiera zarzuty KE i choć przyznaje, że "Rejestr ewidencji gruntów i budynków" nie był w pełni zgodny ze stanem faktycznym, to jednak naliczona kwota kary jest nieproporcjonalna do skali uczybień. Sprawa jest w toku, a Polska zapowiada odwołanie od decyzji KE do Europejskiego Trybnału Sprawiedliwości.