Europejski Urząd ds. Bezpieczeństwa Żywności (EFSA) zorganizował dwudniową konferencję naukową poświęconą ocenie bezpieczeństwa organizmów genetycznie zmodyfikowanych dla zdrowia ludzi i zwierząt oraz środowiska naturalnego Konferencja miała miejsce w Brukseli w dniach 14 – 15 września 2009 r. W procesie oceny bezpieczeństwa GMO duże znaczenie odgrywają niezależne instytucje naukowe takie jak Panel ds. GMO EFSA, OECD (Organizacja Współpracy Gospodarczej i Rozwoju) czy Wspólnotowe Centrum Badawcze. W konferencji udział brali przedstawiciele krajów członkowskich z dziedziny środowiska, oceny ryzyka, przedstawiciele zainteresowanych stron w tym również przemysłu, organizacji konsumenckich oraz grupy środowiskowe z UE i spoza niej. Dyrektor EFSA Catherine Geslain-Lanéelle przypomniała, że EFSA ma za zadanie dostarczanie niezależnych naukowych opinii i informacji w zakresie m.in. GMO. „Nie jesteśmy ani zwolennikami ani przeciwnikami GMO” – podkreśliła. “Jesteśmy nie tylko po to, aby dostarczać informacji, ale również po to, aby słuchać i uczyć się."  Członkowie EFSA stale pracują i poszerzają swoją wiedzę na temat GMO”.  Dyrektor Generalny ds. Zdrowia i Bezpieczeństwa Konsumentów w KE Robert Madelin w swoim wystąpieniu podkreślił istotną rolę, jaką odgrywają naukowcy w całym procesie podejmowania wszelkich rozwiązań przez ciała ustawodawcze.
Ryzyko środowiskowe ze strony GMO jest bardzo złożonym procesem i aktualnie trwają prace nad rozszerzeniem wytycznych EFSA. Niektóre kraje członkowskie w tym Austria zgłaszały swoje uwagi co do samej procedury oceny bezpieczeństwa, że jest ona niewystarczająca i powinno się zaostrzyć wymogi w tym zakresie. Emilio Rodriguez Cerezo przedstawiciel JRC zaprezentował ocenę bezpieczeństwa na przykładzie dopuszczonej do uprawy w UE rośliny GMO – kukurydzy Bt. "Jak wynika z dotychczasowych doświadczeń: na polach gdzie uprawiano kukurydzą genetycznie zmodyfikowaną znacznie zmalała ilość wykorzystywanych insektycydów oraz zaobserwowano wzrost plonów." Podobne doświadczenie rolników korzystających z technologii Bt przedstawił  Esther Esteban Rodrigo z Ministerstwa Środowiska Hiszpanii. Hiszpania zdobyła największą praktyczną wiedzę i doświadczenia z uprawy roślin transgenicznych, a jako kraj członkowski wspólnoty ściśle współpracuje z EFSA w zakresie dostarczania informacji o wpływie GMO na środowisko.