Środkami Funduszy dysponował będzie Dyrektor Generalny KOWR. Dla każdego z 6 Funduszy utworzone zostaną stosowne komisje w skład których wejdzie dwóch przedstawicieli rządowych, jeden z KRIR oraz 3 przedstawicieli producentów, których również może wskazać minister, jeżeli krajowe organizacje nie ustalą wspólnych kandydatów. Może zatem okazać się podobnie jak w przypadku Funduszy Promocji, że w ich władzach producenci towarowi nie będą mieli swojego przedstawiciela.
Rekompensaty mają być wypłacane w przypadku:
1. obniżenia przychodu w gospodarstwie rolnym, prowadzącym chów lub hodowlę ryb lub dziale specjalnym produkcji rolnej powyżej 30 % w stosunku do średniego rocznego przychodu z ostatnich trzech lat lub trzech lat w ramach ostatnich pięciu lat, z wyłączeniem wartości najwyższej i najniższej, przy czym przy obliczaniu średniego rocznego przychodu nie będzie uwzględniany przychód z roku, którego dotyczy wniosek o przyznanie rekompensaty; spadek przychodów skutkujący wypłatą rekompensat z funduszy może być spowodowany:
- a) skutkami wystąpienia niekorzystnych zjawisk atmosferycznych, których ryzyko wystąpienia nie obejmuje ubezpieczenie obowiązkowe spowodowanych przez powódź, suszę, grad, ujemne skutki przezimowania lub przymrozki wiosenne i które pogarszają warunki prowadzenia działalności rolniczej,
- b) w wyniku wprowadzenia środków związanych z zagrożeniem wystąpienia lub wystąpienia chorób zakaźnych zwierząt lub chorób roślin (w uzasadnieniu przywoływany jest przykład ASF, co może oznaczać, że branża może zostać obarczona kosztami choroby zwalczanej z urzędu),
- c) w wyniku spadku cen produktów rolnych uzyskiwanych przez producenta rolnego,
- d) w wyniku wystąpienia niezależnych od producentów rolnych ograniczeń w handlu międzynarodowym.
